Sekvenciranje genoma na hiljadama uzoraka SARS-CoV-2 pokazuje da je porast slučajeva obolelih od covid 19 uzrokovan pojavom novih varijanti korona virusa, pokazalo je novo istraživanje School of Veterinary Medicine na University of California, objavljeno danas u stručnom časopisu Scientific Reports.
Spoj epidemiologije i genomike
– Kako se pojave nove varijante, dobijamo nove epidemije – izjavio je Bart Weimer, profesor javnog i reproduktivnog zdravlja na School of Veterinary Medicine. Spajanje klasične epidemiologije sa genomikom pruža alat koji bi organi javnog zdravstva mogli da koriste za predviđanje toka pandemije, bilo korona virusa, gripa ili nekog novog patogena. Iako ima samo 15 gena, SARS-CoV-2 stalno mutira. Većina ovih promena čini vrlo malu razliku, ali ponekad virus postane manje ili više prenosiv.
Povećanje genetskih mutacija prethodilo eksponencijalnom rastu obolelih
Profesor Weimer i student postdiplomskih studija Darwin R. Bandoy u početku su analizirali genome 150 sojeva SARS-CoV-2, uglavnom od epidemije koja je krenula iz Azije, pre 1. marta 2020. Klasifikovali su epidemije po fazama: indeks (bez izbijanja), uspon, eksponencijalni rast i pad. Jednostavnost prenosa virusa određuje se vrednošću R, odnosno reproduktivnim brojem, gde je R prosečan broj novih infekcija koje je izazvala svaka zaražena osoba.
Sve ove informacije kombinovali su u metriku zvanu GENI, za identitet genoma patogena. Poređenje GENI rezultata sa fazom epidemije pokazalo je da je povećanje genetskih mutacije neposredno prethodilo eksponencijalnom rastu slučajeva, na primer u Južnoj Koreji krajem februara.
Zabrana okupljanja, maske i distanca jesu efikasni u kontroli širenja bolesti
Weimer i Bandoy su zatim pregledali 20.000 sekvenci prikupljenih virusa SARS-CoV-2 i od februara do aprila 2020. godine u Velikoj Britaniji i uporedili ih sa podacima o oblelima. Otkrili su da je GENI rezultat mutacije stalno rastao sa rastom broja slučajeva. Kada je britanska vlada krajem marta uvela nacionalnu blokadu, broj novih slučajeva se stabilizovao, ali je GENI ocena nastavila da raste. To pokazuje da su mere poput zabrane okupljanja, obaveze nošenja zaštitne maske i fizičkog udaljavanja efikasne u kontroli širenja bolesti usled brze evolucije virusa.
Ova metoda takođe bi mogla da pomogne u objašnjavanju „širenja“ infekcije, kada se veliki broj ljudi zarazi u jednom incidentu, gde su mere predostrožnosti opuštene. profesor Weimer je rekao da se nada da će zdravstvene vlasti zauzeti pristup merenja varijacije virusa i povezivanja sa lokalnom stopom prenosa, jer, na taj način, kako je rekao, vrlo rano može da se dobije upozorenje kada dolazi do novog izbijanja epidemije.
